目前一些国产仪器制造商已经通过努力和投入，完成很多在性能指标达到新的创新技术仪器样机，其性能、品质、指标甚至可以同国际先进水平相媲美，但是一旦批量生产之后，其品质就大打折扣。究其原因在于制造商存在着生产工艺落后的现象，在将研发成果转化为实际产品上，后劲不足，问题颇多。
一方面是研发投入不足，另一方面是一些好的技术成果市场效益不明显。很多仪器制造企业面临着既要生存又要创新的发展瓶颈，为了生存往往选择急功近利的发展方式。 除了实体产品转化上的不足，相关附属功能的开发也存在停滞现象。国产仪器同进口仪器相比，存在的另一个不足是应用方法开发问题。国产仪器制造商过去往往只关注制造，不关注应用。国外往往是产品推出的同时应用方法也相应推出了，用他们的仪器可以直接应用，不用再摸索方法，而国产仪器在某些应用中还需要寻找方法。显然，用户为了方便会选择进口产品。因此应用方法开发也是国产仪器发展面临的重要议题之一。
中国仪器仪表行业协会秘书长闫增序提出：中国科学仪器行业的发展已进入结构调整和发展机遇期，企业要有充分的思想准备；企业效益下降是行业面临的突出问题，必须引起大家共同关注；进出口形势严俊，面向国际市场需提升国产仪器竞争力；自主创新、转型升级是产业结构调整和产品结构调整、企业增效的关键。 2013年度国家重大科学仪器设备开发专项项目已经陆续启动。业内人士认为，专项将增强科学仪器设备行业的自主创新能力，有助于提高本土龙头企业的竞争力。科技部要求，结合重大科学仪器设备开发的特点，以及我国科学仪器设备产业发展实际，强化风险共担机制，对企业牵头的项目，探索财政资助节点改革。
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